Una de las ironías de Samuel Eto’o jugando en el FC Barcelona es que originariamente se unió al archirival del Real Madrid, que de inmediato le dejó cedido; CD Leganés de primera a segunda división; después en el Espanyol de primera división después de jugar sólo un partido de liga con el Madrid; y finalmente en Mallorca. Tan bien hizo en este último club que le ficharon por un récord del club y se convirtió en el máximo goleador de la historia del club con un total de 54 goles entre 2000 y 2004.
El delantero camerunés fichó por el FC Barcelona después de una serie de negociaciones entre el Barcelona, el Mallorca y el Real Madrid que le habían conservado una opción. Por un lado, el Madrid no le exigía al equipo ya que ya contaba con dos delanteros en forma de Ronaldo y Raúl; en cambio, no querían que jugara en el Barcelona, un club que buscaba a un delantero de calidad para cimentar el ataque después de no poder llegar a un acuerdo con el centrocampista Edgar Davids, que había pasado la segunda mitad del partido. Temporada 2003-2004 cedido al club catalán.
Con Eto’o como delantero y Ronaldinho como centrocampista ofensivo, Samuel Eto’o rápidamente demostró una buena relación calidad-precio y marcó un total de 24 goles en la Liga en la temporada 2004-2005. Aunque ayudó al FC Barcelona a ganar el título liguero, perdió por poco el título de máximo goleador de la Liga.
Sin embargo, en las celebraciones que siguieron en el Camp Nou pronunció un discurso en el que criticó abiertamente al Real Madrid, aparentemente desahogando la amargura que sentía por ser pasado por el club a favor de ser cedido. Más tarde tuvo que retractarse de su declaración y pedir disculpas.
Al año siguiente Samuel Eto’o pudo mejorar su puntuación en Liga y con un total de 26 goles se llevó por poco la corona del «Pichichi», sólo un gol por delante del valenciano David Villa. Su buena actuación en el terreno de juego le vio también marcar seis goles en la Liga de Campeones, ayudando a impulsar al Barcelona hasta la final ante el Arsenal. Estuvo fuertemente implicado en el resultado, ya que primero el guardameta del Arsenal fue expulsado por una falta contra Eto’o en los primeros 20 minutos; sin aprovechar la ventaja de un hombre, Eto’o empató en el minuto 76 con un pase de Larsson y Belletti marcó el gol de la victoria pocos minutos después.
A partir de una buena temporada, Samuel Eto’o recibió el título de mejor delantero de la Liga de Campeones de la UEFA y de mejor jugador africano por tercer año consecutivo.